O efeito anomérico clássico opera em um átomo de carbono ligado a oxigências. Um (dos dois) pares solitários no oxigênio pode doar para o σ* orbital do CO do outro oxigênio (por exemplo as setas vermelhas) tendendo a enfraquecer esse vínculo enquanto fortalece a ligação do doador de oxigênio. Vice-versa significa por exemplo As setas azuis enfraquecendo o outro vínculo CO. Esse efeito tende a aumentar a separação da carga e a questão surge: qual o tamanho desse efeito? Para tentar descobrir, vamos fazer uma mineração de estrutura de cristal neste publish!
Preciso listar os parâmetros que definem essa mineração de cristal.
- Em primeiro lugar, observamos que o par solitário doações precisa se sobrepor de maneira anti-periplanar com o vínculo CO que vai enfraquecer. Para controlar essa sobreposição, definiremos o valor absoluto dos dois ângulos de torção, T1 e T2 (valor mínimo 0 ° e valor máximo de 180 °). Como um par solitário não possui posição definida nas coordenadas cristalográficas, teremos que inferir o ângulo do par solitário da dos ângulos de torção ro-co e r’o-co, que constituirá uma medida de como os pares solitários de oxigênio são orientados.
- Se T1 ou T2 tiver valores de ~ 60 °, podemos inferir que uma torção de par solitária pode ter um valor de 60+120 ° = 180 ° e, portanto, que é de fato antiperiplano a uma ligação CO.
- Em seguida, definimos as duas distâncias de CO. Se os pares solitários de oxigênio forem orientados a ~ 180 ° da ligação CO, as ressonâncias vermelhas e azuis podem ocorrer mais ou menos igualmente e, portanto, cada ligação de CO é fortalecida e enfraquecida. O efeito anomérico opera em ambas as direções, o que significa que os dois comprimentos de ligação CO são mais ou menos iguais em comprimento.
- Se, no entanto, apenas uma das torções dos pares solitários for 180 ° e não a outra, será configurada uma desigualdade de comprimento de ligação, que pode ser detectada cristalograficamente.
Agora, para uma pesquisa no banco de dados da estrutura de cristal de Cambridge. A definição é mostrada abaixo e incluiu restringir o carbono central a 4-coordenação (r = c ou h), sem erros e r <0,05.
Em primeiro lugar, o resultado para as duas distâncias de CO. O ponto toque em vermelho é claramente um erro, mas os dois anel em verde são reais (Ifjio e Ifejua) para o qual a extrema desigualdade dos dois comprimentos de ligação CO aparece. Mas antes de discutir isso, observo que há um duplo “ponto quente” (vermelho) para o qual as duas distâncias de CO são mais ou menos iguais.
Ao restringir um dos grupos R a R = H, um único ponto quente é obtido mostrando comprimentos de ligação desiguais (~ 1,395, 1.430å) enquanto o ponto quente duplo aparece apenas quando os dois são C. algo interessante acontecendo lá?
Em seguida, um gráfico de torção é mais diretamente revelador de um efeito anomérico operacional. O scorching spot aparece em valores de cada torção de 60 °, o que sugere que a conformação mais comum para essas moléculas é ter ambos Átomos de oxigênio alinhando -se com um antiperiplano do par solitário à outra ligação CO. Isso não resultaria em desigualdade de comprimento de títulos.
No entanto, a distribuição restante mostra uma distribuição vertical e uma horizontal na qual apenas um dos átomos de oxigênio alinha um antiperiplano do par solitário à ligação CO. De acordo com o argumento apresentado acima, isso deve mostrar a desigualdade de comprimento de títulos. Para verificar se a distribuição acima não se deve a restrições de anéis, uma pesquisa na qual ambas as ligações de CO são especificadas como acíclicas (ou seja, não parte de um anel) revela o mesmo efeito.
Em seguida, combinamos a distância e os valores de torção, como abaixo. A média de ambos os ângulos de torção a 60 ° é novamente um ponto quente e isso está associado à diferença nos dois comprimentos de ligação. Por outro lado, a diferença máxima nos comprimentos da ligação ocorre em uma torção média de ~ 90 °, o que pode ocorrer quando as torções individuais são de 60 e 120 °, o primeiro dos quais implica que um par solitário é antiperiplano à ligação CO. Os anéis correspondem novamente aos identificados acima.
Agora, investigar essas moléculas com anel. O vermelho é sucros35 (cite) 10.1002/anie.201107283 (/cite), que foi relatado em 2012 como um polimorfo de alta pressão de sacarose, no qual o padrão de ligação de hidrogênio da sacarose common foi substancialmente modificado. A aplicação de pressão poderia realmente induzir um enorme efeito anomérico?
Uma maneira de aplicar uma “verificação da realidade” é calcular a geometria em um nível de alto nível (ωb97xf/def2-tzvppd), que revela que os três comprimentos de ligação de CO anotados acima são previstos como 1.400, 1,416 e 1.392å (dados justos: DOI: 10.14469/hpc/8374). Estes são comprimentos regulares de CO e não exibem nada incomum. Podemos concluir que os dados de cristal para esse conjunto específico de coordenadas estão errados e certamente devem ser reinvestigados.
Os dois exemplos reais de grande diferença de comprimento de ligação estão relacionados (cite) 10.1021/JA4032715 (/cite) e o maior dos quais é a versão com r = h, c em vez de r = c, c. O exemplo com r = h é certamente aumentado devido à ligação de hidrogênio configurada para o grupo triflato, que tende a formar um oxianião, que é um doador de elétrons mais forte que o metoxi.
A razão para esses disjuntores recordes é que o efeito anomérico neste caso induz não tanto a separação de carga quanto Realocação de carga. Uma maneira de quantificar o efeito é calcular o termo de interação NBO E (2) entre o par solitário do doação de oxigênio e o co -orbital de aceitação de co σ*. Clique na imagem abaixo para ver essa interação (azul = magenta; vermelho = laranja).
Os valores são 60,8 (Ifejio, estrutura em doi: 10.5517/cc111jxj), 46.5 (Ifejua, estrutura em doi: 10.5517/cc111jyk) e 20,8 (sucros35, estrutura em doi: 10.5517/ccx16sx) kcal/mol. Na verdade, o último corresponde a um efeito anomérico “regular”, que mostra que nossos dois disjuntores recordes são mais do que o dobro!
Concluo observando que, nas parcelas de distribuição acima, há cinco ou outros “outliers” que precisam verificar e que também podem ser interessantes. Ainda temos que encontrar o maior efeito anomérico exibindo separação de cargas, em vez de realocação.
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Esta entrada foi publicada na quinta -feira, 1 de julho de 2021 às 12:41 e é arquivada em cristal_structure_mining. Você pode seguir qualquer resistência a esta entrada através do RSS 2.0 alimentar. Você pode Deixe uma respostaou trackback do seu próprio web site.