Arqueologia da Web: revivendo um artigo de 2001 publicado no Web Journal of Chemistry.

Em meados da década de 1990, à medida que a Internet se desenvolvia, tornava-se mais óbvio que uma área que ela revolucionaria seria a publicação de periódicos acadêmicos. Desde a época das primeiras revistas científicas, na década de 1650, o meio estava firmemente enraizado no papel. Mesmo as cores impressas só se tornaram comuns (e acessíveis) a partir da década de 1980. Uma oportunidade para se afastar dessas restrições foi proporcionada pela Internet. Os primeiros a adotar este meio em química foram o projeto piloto CLIC(cite)10.1080/13614579509516846(/cite) em 1995 e o Jornal de Química da Web (IJC)este último oferecendo “publicação química aprimorada que permite a publicação de materiais que não podem ser publicados em papel e personalização de uso remaining que permite aos leitores ler artigos preparados para suas necessidades específicas“.(cite)10.1590/S0100-40421999000200020(/cite) A publicação deste último teve início em janeiro de 1998, oferecendo “aos autores a oportunidade de aprimorar seus artigos incorporando totalmente multimídia, grandes conjuntos de dados, miniaplicativos Java, imagens coloridas e ferramentas interativas.” A revista permaneceu on-line por sete anos, após os quais foi fechada e os artigos ficaram inacessíveis. Nessa altura, muitas das principais revistas de química tinham começado a evoluir na mesma linha, e pode-se argumentar que esta revista tinha servido o seu propósito de alertar tanto os editores como os autores para estas novas oportunidades. Descrevo aqui como um artigo do IJC publicado em 2001 foi trazido de volta à vida mais ou menos da maneira pretendida.(cite)10.59350/9c769-34y25(/cite)

Intitulado “O mecanismo e design do Co-Arctate Br assimétrico⁺ (Mobius) Transferências de átomos entre alcenos. Um estudo computacional“, um resumo do artigo ainda está visível através de serviços como por exemplo Scifinder, mas uma descrição de metadados mais completa e aberta que pode ser fornecida a partir de um DOI (Identificador de objeto digital) atribuído não está disponível, uma vez que em 2001 a adoção de DOIs pelos periódicos ainda estava em sua infância. Felizmente, a fonte authentic ainda estava disponível pelos autores como uma combinação de HTML, arquivos de imagem e dados, sendo os dois últimos hiperlinks no corpo do artigo. Na verdade, esses arquivos são tudo o que é necessário para recriar o artigo authentic do IJC (se não seu estilo), usando o mecanismo de um repositório de dados(cite)10.17616/R3K64N(/cite),(cite)10.25504/FAIRsharing.LEtKjT(/ citar) em vez daquele normalmente projetado para um periódico. O procedimento adotado foi o seguinte:

1. Todos os arquivos de dados foram carregados no repositório como um conjunto de dados.(cite)10.14469/hpc/13929(/cite), DOI: 10.14469/hpc/13929.
2. O registro de metadados gerado e registrado para esses depoimentos (https://information.datacite.org/software/vnd.datacite.datacite+xml/10.14469/hpc/13929) tem UMacesso (o UM de FAIR) identificadores na forma de por exemplo
   1. https://information.hpc.imperial.ac.uk/resolve/?doi=13929&file=1
   2. Metadados descritivos que fornecem propriedades adicionais, se necessário, como nomes de arquivos, tipos de mídia e tamanhos de arquivos, podem ser obtidos through
      • https://information.hpc.imperial.ac.uk/resolve/?ore=13929
   3. Esses identificadores de acesso substituíram os hiperlinks no artigo authentic HTML
      1. Originalmente: -1,5
      2. Torna-se: -1,5
      3. Vale ressaltar que existem basicamente dois métodos de acesso a um arquivo. A primeira depende do seu caminho relativo em um sistema de arquivos hierárquico. Codificar esse native em uma URL significa que ele pode não ser persistente – o hiperlink fica vulnerável à “apodrecimento do hyperlink” quando o sistema de arquivos é reorganizado e o caminho para o arquivo muda. O segundo método baseia-se numa consulta à base de dados, que deve ser bastante mais persistente, uma vez que a base de dados deve sempre incorporar qualquer reorganização dos sistemas internos. Uma terceira opção (não usada aqui) é atribuir um identificador persistente a cada arquivo e garantir que um mecanismo de acesso direto adequadamente persistente seja descrito nos metadados desse arquivo.
      4. O documento raiz do artigo, dado o nome de arquivo reservado index.html foi editado para refletir as alterações nos hiperlinks.
3. O documento do artigo index.html agora foi carregado no repositório. Em um repositório de dados convencional, tal arquivo não invoca ações específicas, mas no repositório usado para esse fim ele tem o significado reservado de invocar com efeito uma visualização ou “LiveView” usando a sintaxe

   • largura="100%" altura="600" id="visualização ao vivo">

4. O artigo agora funciona da mesma forma que funcionaria no IJC, embora de uma forma interessante. O estilo common adotado em periódicos é colocar o ESI ou arquivos eletrônicos de informações de suporte em um enclave separado, vinculado através da página inicial do artigo por mecanismos paroquiais. Neste caso, o artigo e seus arquivos de dados são visíveis no mesma página – afinal, é um repositório de dados – elevando assim os dados ao mesmo standing do artigo. Tal elevação é muitas vezes referida como “fazer”Dados um cidadão de primeira classe dos processos de publicação“.
5. Surgiu agora a oportunidade de incorporar um ferramenta interativa com base no uso do visualizador de moléculas JSmol.
   • Ao adicionar um cabeçalho adicional ao documento HTML contendo uma invocação Javascript de JSmol, os dados selecionados poderiam ganhar vida criando um modelo molecular em uma janela separada.
   • Isto é invocado por uma variação do hiperlink mostrado acima na seção 3.2 por
     Carregar modelo 3D
   • Ferramentas adicionais são agora fornecidas, desde ativar uma vibração (molecular), calcular uma quiralidade (se aplicável) ou outras invocadas a partir de um menu suspenso.
   • Neste exemplo, os dados são novamente acessados ​​diretamente de um repositório de dados, embora por um mecanismo diferente daquele mostrado em 3.2 e aqui baseado apenas no DOI dos dados e no seu tipo de mídia (neste caso químico/x-mdl-molfile).

Não foi intenção aqui ilustrar como uma infraestrutura de periódico poderia funcionar – apenas resgatar um artigo publicado há 23 anos (muito tempo na period da Web) de um periódico que não divulga mais artigos. No processo, o artigo adquiriu seu próprio DOI (embora como dados e não como artigo de periódico), algo não disponível no periódico authentic e algum nível de interatividade do tipo originalmente previsto. O processo (handbook) levou cerca de 2 a 3 horas para ser realizado e certamente precisaria de automatização se fosse usado mais de uma vez. No entanto, sinto-me encorajado pelo facto de, depois de tantos anos, ainda ter sido possível, com relativamente pouco esforço, alcançar esta curadoria.

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