Moléculas do ano -2022. Problemas de dados!

A lista de moléculas do ano já está disponível em Notícias C&E (mas é necessário ter uma conta para visualizar a lista, ao contrário dos anos anteriores).^♣ Esses três chamaram minha atenção:

1. Elétron em um cubo: Síntese e caracterização do perfluorocubano como aceptor de elétrons,(cite)10.1126/science.abq0516(/cite). eu já escrito sobre este sistema e não discutirei mais o assunto, exceto para observar que este ficou no topo da enquete!
2. Síntese de modelo Vernier de nós moleculares(citar)10.1126/science.abm9247(/cite)
3. Megalo-Cavitands: Síntese de Acridane(4)arenos e Formação de Cavitands Grandes e Profundos para Captação Seletiva de C70(citar)10.1002/anie.202209885(/citar)

Os dois últimos são exemplos de grandes moléculas tridimensionais com propriedades incomuns. O segundo é um exemplo de trevo de trevos, chamado nó de tríscele e eu estava muito interessado em obter suas coordenadas para poder inspecionar o nó. Pensei em resumir aqui os procedimentos hierárquicos que podemos tentar para adquirir tais dados.

• O método mais moderno de aquisição de dados associados a um artigo é inspecionar a lista de citações no remaining do artigo. A tendência encorajada pelos princípios de dados FAIR sugere que se tais dados tiverem um DOI associado (como de facto o próprio artigo tem), então este DOI deve ser citado nas citações tal como os próprios artigos. Este conceito também é conhecido como tratar dados como um cidadão de primeira classe dos processos acadêmicos. Neste caso, nenhum dado foi associado às 81 citações listadas em 10.1126/science.abm9247
• O método predominante desde 1996 tem sido o próximo obtain de qualquer ESI. Isso está ligado aqui. Não posso deixar de observar que o formato PDF não é otimizado para dados, mas é melhor que nada. Este PDF tem 114 páginas, e eventualmente encontra-se o seguinte na p 103: estruturas e energias correspondentes carregadas no banco de dados do Github (https://github.com/kjhstenlid/AshbridgeVernier2022/). O Github é conhecido como repositório de software program, mas seu uso como repositório de dados é incomum. Portanto, nenhum DOI recebe esses dados (o que explicaria por que não está listado nas citações do artigo). Aqui se aprende com o leia-me que ele contém Estruturas de nós moleculares em formato de arquivo cif para os nós Verner e Sheild.
• Para obter esses dados é preciso fingir que é um código e baixar o arquivo do CEP. O arquivo CIF encontrado lá, entretanto, apresenta um erro deadly ao tentar carregar em um visualizador CIF como o Mercury: A leitura da célula do Cif falhou, não foi possível recuperar ‘_cell_length+a’. O CIF claramente não é gerado a partir de um programa de análise cristalográfica, mas sim de um programa de modelagem e é claramente inválido como CIF.
• Agora é preciso voltar atrás para ver se o arquivo CIF pode ser resgatado usando um editor de texto. Isso não é trivial, mas cerca de 10 minutos de edição finalmente produzem um arquivo que pode ser visualizado.
• Aqui está a estrutura 3D (clique na imagem para visualizar).
  

Agora vamos aos Megalo-Cavitands (ou não). Assim como acima, acaba-se em um Arquivo PDF de 49 páginas procurando coordenadas. Lá são obtidas fotos de modelos computados pelo PM6 começando na página 28, mas, infelizmente, aparentemente nenhuma coordenada associada.^†

Portanto, não há modelos 3D para mostrar aqui (desculpe, clicar na imagem acima não os produzirá^†).

Minha observação remaining deveria ser que quando uma molécula interessante é selecionada para inclusão em por exemplo nas moléculas do ano – 2022, um dos critérios para a sua inclusão é que a disponibilidade de dados completos e FAIR descrevendo as suas propriedades seja um dos critérios essenciais para a seleção.

^‡Observo que o método usado para gerar essas coordenadas (PM6) talvez não seja o ultimate; ele não contém termos de atração de dispersão, que provavelmente são importantes na modelagem da complexação hospedeiro-convidado. O método PM7 é muito melhor para esse tipo de coisa! Isto destaca a importância de fornecer dados, neste caso coordenadas 3D. Seria interessante recalcular as dimensões dessas moléculas usando um método que permitisse incluir atrações de dispersão. Para apenas um exemplo, veja aqui.
^† Entrei em contato com os autores de (cite)10.1002/anie.202209885(/cite) e descobri que uma referência a um envio de repositório de dados foi omitida do artigo. Os dados estão no DOI: 10.5281/zenodo.6953961 e relatarei separadamente minha análise do efeito da substituição de PM6 por PM7.
^♣Veja isto carta aberta sobre mudanças na C&EN.

Esta postagem tem DOI: 10.14469/hpc/12028

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