Moléculas do ano -2022. Um olhar mais atento sobre os Megalo-Cavitands.
No put up anterior, discuti como os dados associados a dois dos candidatos a moléculas do ano – 2022 poderiam ser recuperados e depois usados para inspecionar suas estruturas tridimensionais. Aqui me concentro nas cavitands ultragrandes relatadas recentemente(cite)10.1002/anie.202209885(/cite). Como observei, eles têm um arquivo de coordenadas de dados associado publicado no Zenodo (DOI: 10.5281/zenodo.6953961) embora isso não seja citado no próprio artigo.
Abaixo são mostradas as coordenadas da molécula A4-T contendo C70sendo o primeiro otimizado no nível PM6 e o segundo no nível PM7. A diferença mais óbvia é que todos os contatos próximos CH…HC da molécula hospedeira encolhem entre ~4Å a 2,6Å nas geometrias PM6, até cerca de 2,1Å para PM7, uma contração de pelo menos 0,5Å. Além disso, a distância entre o host e o convidado reduz de cerca de 4,2Å para 3,45 Å (a propósito, uma distância típica do empilhamento π-π), uma redução significativa de ~0,75Å. Clique nas duas imagens abaixo para visualizar este modelo.
A diferença nos termos de dispersão para essas duas geometrias surge como 36,6 kcal/mol menor para a geometria otimizada PM7 em comparação com a geometria PM6 unique, uma estabilização significativa. Os dados FAIR estão no DOI: 10.14469/hpc/12022 se você quiser analisar melhor os tamanhos das cavidades.
Abaixo é mostrada a superfície NCI (interação não covalente), calculada na geometria PM7 e usando a função de onda MNDO. Isso ilustra as estabilizações que ocorrem a partir da densidade não covalente (demora um pouco para carregar).
Esta postagem tem DOI: 10.14469/hpc/12027
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